Pokémon Story

Umas pessoas acreditam que sim, outras não, mas existem provas que explicam.

Nos jogos, os lendários são programados de uma forma feita para transmitir a ideia de que existe apenas 1 lendário de cada espécie, sendo que só um pode ser encontrado na Natureza.
Apesar de em alguns jogos, (Pokémon Platinum por exemplo) podermos capturar lendários na natureza, e depois encontrar um treinador que tenha os Pokémons supostamente únicos que capturamos, alem disso por meio de trocas e de eventos podemos ter mais de um lendário da mesma espécie no mesmo jogo.
Tem pessoas que acreditam que os jogos mantém apenas um lendário disponível para captura para manter a dificuldade e a raridade desses Pokémon, pois eles conseguem ser muito mais fortes do que os Pokémons comuns.

Outra característica entre os lendários nos jogos é que eles são incapazes de botar ovos (exceto Manaphy, apesar de seus filhos serem Phione) apesar de nos jogos Pokémon HeartGold/SoulSilver podemos ver Arceus botar um ovo de onde pode nascer Dialga, Palkia ou Giratina, mas isso não explica nada pois os filhos geralmente são iguais à mãe.

Os jogos indicam que certos lendários não são únicos, como o fato de a Pokédex descrever Entei como um Pokémon que nasce cada vez que surge um novo vulcão no mundo, nada indicando que o Entei que apareceu antes morre-se quando surgiu um novo Entei.
No Anime, foram vistos espécies de Pokémons lendários que aparentavam nunca ter encontrado Ash antes, apesar de outro membro de sua espécie já o ter feito, além disso, um Lugia apareceu junto com seu filhote nas Ilhas dos Redemoinhos.
Também já foram vistos vários Manaphy e Shaymin juntos, enquanto que Raikou, Entei e Suicune já apareceram em suas versões Shiny em um dos filmes e nas suas formas normais no Anime e em outros Filmes.

Ignorando os mundos paralelos dos jogos e Anime, e seguir pela lógica, o imortal não existe, os Pokémons lendários são apenas lendários porque participaram nas lendas e tem uma força muito maior do que a das restantes espécies, eles nascem, crescem, se reproduzem e depois morrem, não são imortais.
Os Pokémons lendários provavelmente não se reproduzem com frequência, mas para não correr risco de extinção, provavelmente o fazem quando sabem que estão velhos e perto de morrer, para o seu filhote assumir o posto de seus pais. Os únicos Pokémons lendários que são únicos são Arceus por ser o Deus (e mesmo assim existem duvidas) e Mewtwo por este ter sido criado pela Team Rocket com o ADN de Mew, Genesect apesar de ter sido também criado por uma Team do mal, essa Team criou vários Genesect, sendo que, no filme, alguns deles aparentavam ser fêmeas, o que pode tornar possível sua reprodução.